Alguns fatores colaboram para que o peixe-boi marinho esteja no status de criticamente ameaçado. O principal deles é a intervenção do homem na natureza, sem consciência ambiental. Poluição e lixo nos mares e rios, circulação desordenada de embarcações motorizadas nos locais de ocorrência dos peixes-boi marinhos, desmatamento, construções de prédios em lugares próximos a praias e mangues, a captura acidental em redes de pesca. Tudo isso contribui para a destruição do habitat da espécie e, consequentemente, do animal.
O peixe-boi marinho é uma espécie que tem características peculiares quanto à procriação. Uma fêmea tem 13 meses de gestação e passa cerca de dois anos amamentando o filhote. Ou seja, é preciso três a quatro anos para gerar uma nova vida, o que torna ainda mais delicado o trabalho de conservação da espécie. E neste processo da relação mãe-filhote, é preciso bastante atenção. O ambiente ideal para que a fêmea cuide do filho é aquele que tenha água calma e alimentos ricos em nutrientes que sejam de fácil acesso, ou seja, os estuários. É lá que elas buscam se reproduzir, parir e descansar. Se este ambiente estiver comprometido (poluído, assoreado), ela vai sentir necessidade de sair com o filhote para o mar, e é aí que ocorre outro agravante: as ondas do mar, muitas vezes, acabam separando os filhotes das mães e, por serem muito novos, sofrem ainda mais com os fatores de ameaça.
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